网络银行运营的主要问题是安全性问题，黑客利用网络环境所进行的数据欺骗、传播网络病毒等各种犯罪活动是网络安全的严重障碍。虽然各种防火墙技术（Firewall）已相继开发出来，又出现了128bits加密技术、SSL保安、SET双重数码核对保安标准等技术，但是网络银行的虚拟性使其绝对安全的运行成为不可能，如何开发并利用新技术以更好地保证网络环境下的交易安全已迫在眉睫。
网络银行的安全性和保密性直接涉及客户的隐私权问题。现代科学技术和网络技术的发展大大增加了侵犯客户隐私权的概率和范围。一些网络犯罪分子通过利用各种交互式的、可调的、宽频带通信网络，对客户信息进行窃取进而侵犯客户的隐私权。因此，如何保护客户的合法权益，维护公众对网络银行的信心，也是网络银行发展中的重要问题。
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