(1) 专线物流通达地区有限。只有物流体量较大的国家才有专线物流可以选择，可选择的物流方案也受限制。同时在国内的揽件范围也相对有限，目前只有国内几个重点城市提供上门揽件服务，服务市场覆盖面有待扩展。
(2)相对于邮政小包来说，其运费成本略高。货物到达终端客户的时间受目的国合作物流商效率的影响，容易出现最后“一公里”运送延误。
(3)跨境专线物流可托运的产品有限。目前，我国可提供跨境专线物流服务的公司虽然逐渐增多，但是其可托运的产品种类较为有限，影响国内外消费者体验。我国已开通跨境专线物流的公司，受航空运输方式的影响，仍然有大部分物品禁止托运，使得一些大宗商品的批发商只能采用邮政包裹或其他方式运往国外例如，有些专线目前仍然不能寄送带电池的电子产品类以及纯电池。指甲油、香水、香薰、打火机等热销产品，也属于专线物流暂不托运的物品。
介于专线物流的优势，目前大型跨境电商平台都在积极建设专线物流配送渠道，例如速卖通联合莱鸟网络打造无忧物流，兰亭集势启动跨境物流开放平台等同时针对固定路线的跨境电商而言，国际物流专线是一种较好的物流解决方案专线物流适合运送多批次、小批量、时效要求高的货物，尤其适合小额批发和样品运输等。专线物流的特性就是性价比高于国际小包与商业快递。同时跨境专线物流也可以作为一种补充模式，为买家提供多样化的物流选择。买家根据实际需求来选择物流方式，或采用混合式物流模式。例如:专线物流 +海外仓、国际快递 +边境仓，以提高物流效率，提高顾客满意度。
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