跨境电商中不同的贸易方式，存在的问题有一定的差异，按一般贸易方式进出口的大额交易，目前尚未完全实现贸易的无纸化，这在一定程度上影响了贸易的便利化及电子商务在贸易中的应用。从小额碎片化的贸易来看，除受到未实现的贸易无纸化影响外，在产品、物流、通关等方面也存在一些行业性的难题，这些成为制约跨境电商发展的重要因素。
产品同质化严重:近年来跨境电商发展迅速，吸引了大量商家的涌入，行业竞争加剧。一些热销且利润空间较大的产品如3C产品及附件等，众多跨境电商公司都在销售，产品同质化现象严重，行业内甚至出现恶劣的价格战。
品牌化未建立:跨境电商发展起来很大程度上是源于中国制造大国的优势，以价格低廉的产品吸引消费者,目前跨境电商行业很多产品是从一些小工厂出货,包括一些3C、服装等,整个产品质量控制相对来说还有一定的问题，大部分跨境电商企业还未涉及品牌化建设阶段。
物流时间长且浮动范围大:跨境电商由于涉及跨境较复杂且各国间政策差异较大，很难像内贸电商一样通过自建物流的方式来解决跨境电商的物流问题。跨境电商的物流，物流周期非常长，到美国和欧洲一般要7~15天，到南美、巴西、俄罗斯更长(25~35天)，除物流时间长之外，物流还存在时效投递不稳定的问题，收货时间波动很大，有时7天收到，有时20天收到。
通关结汇难:随着跨境贸易逐渐向小批量碎片化发展，除B2C外，小额贸易B2B企业同样面临通关的问题。由于小额B2B和B2C跨境贸易电子商务与一般出口贸易有差异，在出口过程中存在难以快速通关、规范结汇、享受退税等问题，虽然目前国家针对跨境电商零售出口提出可“清单核放、汇总申报”的通关模式，但该政策仅针对B2C企业，大量从事小额B2B的外贸中小企业仍存在通关困难的问题。在进口过程中，存在以非法进口渠道逃避海关监管，以及进口商品品质难以鉴别、消费者权益得不到保障等问题。
跨境电商人才缺失:跨境电子商务贸易在快速发展的同时，逐渐暴露出综合型外贸人才缺口严重等问题。跨境电商人才缺失主要是因为:(1)语种限制。目前做跨境电商的人才主要还是来自外贸行业，但英语专业居多，一些小语种电商人才缺乏，但事实上，像巴西、印度、俄罗斯、阿拉伯、蒙古等国家，跨境电商具有很大的发展潜力，也是跨境电商企业关注的重点。(2)能力要求高。从事跨境电商业务的人才，除语种的限制外，还要能了解国外的市场、交易方式、消费习惯等。此外，还要了解各大平台的交易规则和交易特征。基于这两个特点，符合跨境电商要求的人才很少，跨境电商人才缺乏已经成为业内常态。
