海关核查有一般程序和特殊程序，下面就主要来说说特殊程序：
(1)书面核查程序
核查人员无须到现场，仅采用书面形式对企业进行核查。适用于简单的低风险的仅需企业进行确认的核查任务，包括按照规定要求仅需做书面调查的出口退货调查、技术性贸易措施影响调查等核查任务。
(2)联网核查程序
该程序主要采取网络检查的方式实施作业。目前主要是针对联网监管企业、高级认证企业的核查业务。
(3)批量核查程序(归并核查程序)
针对多个核查任务，以批量的形式一次完成核查计划制订、审批和反馈，现场核查也由一个核查组或多个核查组一次完成多个核查任务。适用于工作量集中、重复性强且廉政风险较低的核查任务，比如进口商品进人国内市场抽查检验核查任务等。
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