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外贸代理业务里，代理费存在两种主流支付形式，结合实操流程可以清晰区分二者的特点与优劣。

第一种方式，收到境外全部外汇后，统一兑换为人民币，全额支付给合作制造厂，制造厂按要求开具增值税发票。后续由外贸公司出具代理费发票，再由制造厂单独结算支付代理费。

第二种方式也是行业内较为常用的做法，收到外汇款项后，直接从中扣除约定比例的代理费，剩余部分再兑换成人民币结算给制造厂。这种方式流程更简便，外贸公司可以第一时间收回代理费用，省去二次对接结算的步骤，避免出现回款时间差、重复开票以及代理费无法正常收回等问题，同时也能减少额外产生的税费相关事务，更便于日常操作。

关于结算币种，实际执行中没有绝对的划分标准。按照规定，外贸取得的外汇都需要向银行办理结汇，最终款项都会折算为人民币进行流转。因此协议标注美元结算或是人民币结算，只是形式上的区别。