物流是跨境电商最不可控的环节，进口也是。相关领域的物流企业包括贸易商、国际快递、邮政包裹、转运公司等。客观地说，国内的消费者已经被淘宝和京东等平台国内物流的出色体验给惯坏了，但为了获得心仪的进口商品，海淘消费者普遍降低了物流体验的预期，跨国收货大部分时长在两周左右，1周以内的不足10%。
完税进口的传统贸易物流是批量运输，时效慢但可控。而跨境电商进口易出现丢件、损坏、甚至掉包等问题，对于奶粉等食品还可能因为运输存储不当而变质，主要因为涉及的物流形态和运作环节较多。
由于电商订单已形成，消费端的收货紧迫性，国际运输的组织更加灵活且不可控因素增多，加上进出口海关管控等因素制约，至今为止还没有哪家跨境电商或相关物流企业能彻底保障全环节如同国内物流一样顺畅。
跨境物流与其通关方式密切相关，通过商业快递的方式运输入境，以快件通关;发运邮政的国际包裹，则按个人物品行邮通关:直购进口可能用到海外仓与集货运输，保税进口则离不开保税仓，两者都是三单对碰清关;所有物流渠道一旦入境，国内段物流基本等同于国内快递，时效方面比较可靠，就看价格与地域的差别。
跨境进口物流服务的每个环节的时效性或许可控，一旦串联起来就可能衔接“梗阻”。国际运输段，海运时间太长，而且奶粉等一些食品不适合走海运，一般会选择空运。当然，保税进口大批量提前备货，一定程度开拓了跨境海运和洲际铁路运输。
到了国内，清关速度与各物流公司实力有很大关系，机场转关时，从国际机场到保税区这块，最短也要一两天，流程没打通，排队也能耗死人。由于产品属性和运营模式的差异，还不存在完全替代的物流渠道，消费者及进口电商企业也会各取所需。
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