传统跨境贸易与跨境电商在主体运营方向、优化主体、交易方式、税收待遇、商业模式等方面也有着很大的不同。
1)主体运营方向不同
传统跨境贸易和跨境电商在主体运营方向上的不同主要体现在业务引流的操作上。其中，传统跨境贸易为了能够获得稳定的客户资源，在运营发展过程中，主要通过外贸开发信或其他社交平台进行新老客户的开发和维护，从而增加客户资源;在对客户进行争取和维护的过程中，重点是靠各种积极的“干货”信息来吸引客户的加盟。而跨境电商更加侧重于商品销售，所以其在运营发展过程中虽然也会采取各种推广营销方式，但是其最主要的目的是销售商品。
2)优化主体不同
传统跨境贸易涉及的业务内容规模较大，交易的一般都是大宗的货物，所以总体利润值较大，在客户收到货物之前，运输时间及目的港口等问题并不是卖家关注的主体内容，他们更加关注的是交货日期、贸易合同要求及货物运输安全性，因此在实践工作中，传统跨境贸易侧重于优化货物运输安全性等问题。而跨境电商多为直接交易，总体利润水平取决于销量及成本控制，而运输时间及运输工具的选择等因素都是影响成本投入水平的重要因素，因此跨境电商为了提升总体利润水平，会采取积极措施优化运输时间，尽可能地选择性价比高的货物运输方式。
3)交易方式不同
传统跨境贸易的交易方式主要为线下交易，更加侧重于与客户的接触与商谈，确定贸易订单后，将重点事项通过线下接触谈妥，至于合作中的一些临时问题则基本上是通过邮件或电话联系的方式进行处理的。而跨境电商的交易方式主要是线上交易，从商品重要信息的咨询到整个贸易订单的顺利达成，这些过程主要发生在线上。当然，也有少数外贸客户因订货量较大提出参观商品生产工厂的要求，不过在跨境电商交易中，这种类型的客户较少。
4)税收待遇不同
在税收待遇上，传统跨境贸易的税收操作要比跨境电商的税收操作麻烦一些。因为传统跨境贸易涉及的贸易订单合作规模较大，所以在海关处申报及税收的处理上要按照规定执行，有时候可能要缴纳多项税。而跨境电商交易活动主要发生在商家与个体之间，交易方式类似于现在的网上购物，因此在税收的操作上较为简单，一般缴纳行邮税即可。
5)商业模式不同
传统跨境贸易的商业模式主要是企业对企业，即常规意义上的B2B模式，在运营上需要企业内部多个组织的协调运转，从而努力推动商业贸易合作的达成。而跨境电商的商业模式主要是企业对消费者,即B2C模式,企业更加注重业绩与总体利润水平的提升。
