虽然跨境微电商行业正在迅猛发展，但发展过程中暴露出的种种问题，正在成为跨境微电商的心头之痛。尤其是以下几种痛点，让跨境微电商觉得心有余而力不足。
1. 跨境物流存在清关障碍
每一个跨境微电商几乎都遭遇过清关障碍，如在出口跨境物流中，在目的地海关常常会遭遇海关扣货查验、货件退回发件地、要求补充齐全文件资料再放行等情况，即便遇到这些情况还算万幸，至少货物还在，有些跨境微电商还会遭遇货物被没收的障碍。
不管是哪种障碍，都会给跨境微电商带来难以承受的损失，退件会让跨境微电商白白承担来回的运费；扣货、补充齐全文件资料等障碍则会延长物流时间，这可能会导致买家投诉或拒付货款；货物被没收则会让跨境微电商鸡飞蛋打，赔个底朝天。所以，不管遇到哪种情况的清关障碍，都会对跨境微电商产生极大的不良影响。
出现清关障碍这种状况，不外乎两种原因，一种是跨境微电商没有重视相关国家对进出口的监管制度和海关贸易壁垒；另一种是相关国家的海关完全依靠人力清关，没有信息系统协作，从而大大影响了清关速度。
2. 跨境物流配送时间过长
虽然前几年跨境微电商就已经在我国诞生了，但由于跨境物流配送时间过长，严重制约了跨境微电商在我国的发展。例如，2013年，一名俄罗斯消费者在速卖通平台下单购买我国的产品，那么他有可能需要3个月的时间才能收到产品。试想一下，如此长的物流时间，还有哪位消费者愿意参与购物呢？
随着这两年我国政府对跨境微电商的进一步支持，以及各种跨境微电商行业自身的努力，跨境物流配送时间已经有了很大的改观。例如现在使用中邮小包发货到俄罗斯，物流时间基本上在2个月内，非常顺利的话，只需要40多天；如果使用专线物流，物流时间会进一步缩短，但同样需要20多天。
虽然这种物流配送时间已经是目前最好的结果，但依然无法使消费者满意，所以，要想使跨境微电商进一步发展，当务之急是在物流配送方面多下一番功夫，尽可能地缩短物流配送时间。
