跨境电商物流系统规划包括许多方面的内容，应从物流系统规划、信息系统规划、运营系统规划三个方面进行规划。物流系统规划包括设施布置设计、物流设备规划设计和作业方法设计;信息系统规划也就是对现代物流系统信息管理与决策支持系统的规划;运营系统规划包括对组织机构、人员配备、作业标准和规范等的设计。通过系统规划，实现物流系统的高效化、信息化、标准化和制度化。
物流系统的建设程序分为五个主要阶段:筹建准备阶段、系统规划设计阶段、方案评估阶段、详细设计阶段、系统实施阶段。下面分别说明各阶段的主要工作。
(一)筹建准备阶段
在物流系统的筹建准备阶段，首先应该明确建设物流系统的任务、目标及有关的背景条件。当然一个物流系统的成立可能有多方面的目标，但需分清主次以便设计时更好地体现既定方针。在对物流系统建设的必要性和可行性有了初步结论后，就应该建立筹建小组(或委员会)进行具体规划。筹建小组应包含制造厂、土建部门的人员及一些经验丰富的物流专家或顾问。以配送中心为例，筹建过程如图2-4所示。
(二)系统规划设计阶段
在该阶段，需要对物流系统进行全面的规划与设计。该阶段主要包括以下内容:
1.基本流程设计;
2.物流系统的要素和能力设计;
3.运营系统设计;
4.平面布置;
5.建筑规划;
6.制订进度计划;
7.建设成本的概算。
(三)方案评估阶段
在基本设计阶段往往产生几个可行的系统方案，应该根据各方案的特点，采用各种系统评价方法或计算机仿真的方法，对各方案进行比较和评估，从中选择一个最优的方案进行详细设计。
(四)详细设计阶段
对所使用的设备类型、能力等作出规定及决定作业场所的详细配置、办公及信息系统的设施规格与数量，制订设计施工计划等，包括以下内容。
1.设备制造厂的选定。设备制造厂的选定一般通过投标竞争的方式进行。
2、详细设计。在详细设计阶段要编制具体的实施条目和有关设备形式的详细计划。
(五)系统实施阶段
为了保证系统的统一性和系统目标与功能的完整性，应对参与设计施工各方所设计的内容，从性能、操作、安全性、可靠性、可维护性等方面进行评价和审查。在确定承包工厂前应深入现场，对该厂生产环境、质量管理体制及外协件管理体制等进行考察，如发现问题应提出改善要求。在设备制造期间也需进行现场了解，对质量和交货日期等进行检查。
