无论是生产型外贸企业，还是流通型外贸企业，其退税申报流程都差不多，只不过申报系统与递交资料有区别而已。
在电子口岸报送报关单数据后，出口商还需要通过申报系统录入发送退税资料。生产型外贸企业需要通过“生产企业出口退税申报系统”申报，流通型外贸企业则需要通过“外贸企业出口退税申报系统”申报，两系统都可以在“中国出口退税咨询网”(http: //www. taxrefund.com.cn/xiazai/download.html)下载得到。由于退税率时有变更，为避免出现错误，出口商不时需要自行下载(也在上述网址中)最新的退税数据库对系统进行更新。数据库下载后再根据系统提示覆盖原来的退税率数据。
电子数据申报后，还需要申报企业到现场递交退税纸质资料。所需资料其中(1)、(2)、(3)三项要根据税务局提供的空白模板进行填写，这三项文件模板可在关于退税的重要法律文件《关于发布《出口货物劳务增值税和消费税管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第24号)的附件中找到。同样地，笔者建议经常需要接触税款计算的读者认真把该法律文件读一读。此外《关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》(财税〔2012)39号)也是关于退税的基本规定，深入研究退税必不可少。
递交的纸质文件中，流通型企业比起生产型企业，需要多提供一份“增值税专用发票”抵扣联。流通型企业的退税需要特别小心以确保增值税专用发票上的内容与报关单内容的一致性，包括商品名称、数量、单位、型号的一致，增值税发票含税价减去退税后一定要小于FOB折合人民币的价格(即订单不能亏本，亏本订单税务局会拒绝退税)。如果条件允许，建议报完关后再参照报关单的内容让供应商打印发票，因增值税发票与报关单不符而无法退税的案例不在少数。
目前递交纸质文件申请退税的期限是出口的次年4月30日前，时间较为宽松，但一旦逾期出口退税就作废了。
此外，流通型企业还需要申请退税调函。以上所有手续完成后，出口商还需要在企业内保存好与出口相关的单证备案以便税务局抽查。
