在生产企业的出口业务中，免抵退税申报有着明确且规范的流程。
一、免抵退税预审核阶段
生产企业在取得出口退（免）税资格认定后，当货物出口并完成财务销售处理后，需将出口数据录入 “出口退税申报系统”。对于开展进料加工贸易的企业，还需把进料加工相关原始单据数据录入系统，如手册登记、核销以及进口料件报关单等信息。有国际运输及向境外提供研发、设计服务的企业也同样要录入相关原始单据数据。数据全部录入后，进行数据一致性检查，确保数据准确无误后，通过系统生成明细电子申报数据。这一环节是后续申报工作的基础，数据的准确性直接影响到免抵退税申报的成功与否。
二、增值税一般纳税人日常申报
企业按照规定进行增值税纳税申报，这是企业税务管理中的常规且重要环节。日常申报的数据与后续的免抵退税申报相关联，准确的日常申报数据有助于保障整个税务流程的合规性和准确性。
三、免抵退税正式申报阶段
在正式申报前，企业需将已申报的增值税纳税申报表中的部分关键信息录入 “出口退税申报系统”，接着生成 “免抵退税申报汇总表” 并生成汇总电子数据。之后通过申报系统打印相关报表，将报表与原始单证装订成册，同时把明细申报数据及汇总申报数据存入 U 盘。
在规定期限内，企业携带这些资料到主管税务机关办理正式申报工作。正式申报资料包括系统打印的 “生产企业免抵退税申报汇总表” 及其附表、“生产企业免抵退税申报资料情况表”、“生产企业出口货物免抵退税申报明细表”、出口货物退（免）税正式申报电子数据以及原始凭证，如出口货物报关单、出口发票等。委托出口的货物还需提供代理出口货物证明及协议复印件等。主管税务机关要求的其他资料也需一并提供。规范的申报流程有助于生产企业顺利享受免抵退税政策，减轻企业税收负担，促进企业出口业务的发展。
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