海关在对申请企业实施AEO认证审核时，一般提前3天通知企业，进入企业第一轮2~3天现场认证，现场认证应严格控制海关认证企业标准，发现不符合要求，将发出规范整改通知要求企业规范整改工作，企业整改后，海关将实施1~2天现场审核，海关审核后，一般在90~120天做出内通过或不通过的认证结论。
海关实地认证的主要内容如下：
1、认证小组实地审核企业数据。进行实地认证时，要对企业进出口经营数据进行调查审核，并进行实地检查，需要通过海关企业进出口信用管理系统审核的数据包括：企业注册信息数据、企业进出口总值及税额数据、企业一般贸易、企业加工贸易及保税进出口、企业减免税、企业违法、企业申报(传输)规范、企业纳税、企业管理要求、外部信用等数据。
2、认证小组实地核查的主要资料。主要包括：内部控制制度、财务状况制度、守法规范制度、贸易安全制度、场所安全控制制度、进入安全控制制度、人员安全控制制度、商业伙伴安全控制制度、货物安全控制制度、集装箱安全控制制度、运输工具安全控制制度、危机管理控制制度等，要审核各种必要的制度规章是否健全。
3、实地核实认证小组的关键内容。主要有以下几个方面:
1）企业注册信息：如企业名称、注册地址、企业法人、企业性质、企业英文名称、企业英文地址、企业高级管理人员（法人、报关业务负责人、财务负责人）等；
2）企业进出口总值及纳税数据：如企业进出口总值、纳税额、报关单数等；
3）企业一般贸易情况:如一般贸易进出口额、纳税额、报关单数等。
4）企业加工贸易和保税进出口：如加工贸易进出口、国内销售税；企业减免税等；
5）企业违法行为：是否有走私犯罪、走私行为，是否有违反海关监督规定的处罚、处罚金额和处罚次数；
6）企业纳税情况：如逾期纳税单数和报关单数，是否超过法定期限尚未纳税，是否隐瞒真实信息欺诈等。
4、认证小组经现场核实后不能整改的项目。企业违法、会计信息、纳税能力、盈利能力、偿付能力、管理要求、外部信用等七项标准企业未达标的，属于不能立即整改的项目。
由于这些项目整改有一定的时间限制或相关要求，只满足要求或期满后再次向海关申请，如发现走私犯罪或连续两年进入黑名单，或企业偿付能力、资产负债率和主营业务利润率不在安全或正常范围内，属于不能整改的问题，必须退还申请。
其他项目不符合标准或部分标准的，允许企业进行标准化改进。规范改进期限由海关确定，最长不超过90天，海关根据规范改进确定是否通过认证。
高级认证企业每三年重新认证一次。一般认证企业可以随时向海关申请认证，一般信用企业也可以随时向海关申请认证。但是，如果被海关下调为一般信用企业或从不诚实企业上调为一般信用企业，企业必须等待一年才能向海关申请认证。不诚实企业一年后，海关可以上调为一般信用企业。
