我国跨境电商物流劣势主要表现在以下几个方面:
一是物流成本过高。跨境电商物流需要从国内向国外拓展，整个物流产业链变得更长，环节也较多，物流成本因此而大幅上涨。值得注意的是，在海关与商检环节中，不可控因素非常多，操作难度加大，市场风险增加，这些都会提高跨境电商物流成本。
二是物流配送周期过长。在国内，电商物流配送不到位往往是消费者投诉的重点;而在跨境电商物流发展中，物流周期过长是消费者最不满意的，原因在于跨境电商面临的产业链更长物流环节更多。其中，海关清关和检验检疫等待时间必不可少，导致跨境电商物流平均周期往往是国内电商物流平均周期的 5倍以上，严重影响了我国跨境电商的发展。
三是物流的售后服务难以跟上。跨境电商物流涉及的环节众多，面临的退换货物流可能性非常大。从电商本身特点来看，其退换货率比传统商务模式下的退换货率要高很多。由于跨境电商物流周期长、成本高，往往难以满足消费者的退换货要求。如在欧美发达国家，存在退换货消费文化和消费习惯，我国跨境电商在进入这些国家市场时，退换货率往往居高不下。但由于缺乏强大的物流支撑和顺畅的物流通道，退换货变得非常困难。尤其是退换货物流成本过高，有时甚至出现物流成本超过商品本身价值的情况，我国许多跨境电商物流企业不得不勉力支撑。
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