按照运营模式的不同，现阶段跨境电商主要有两种类型:平台运营跨境电商和自建网站运营跨境电商。前者是指从事跨境电商的交易主体在阿里巴巴、亚马逊、eBay 等电商平台上开设店铺从事外贸业务活动;后者是企业在自建网站上从事相关外贸业务活动，如兰亭集势、环球易购等。从长期发展趋势看，平台运营跨境电商和自建网站运营跨境电商的融合度日益增强。在跨境电商平台上开设店铺的企业做到一定规模后，由于无法从平台获取客户数据，往往选择自建网站，一些做独立网站的跨境电商企业同样也会选择在类似亚马逊和eBay 这样流量大的平台上开设店铺。
按照商品流通方向的不同，跨境电商可以分为出口跨境电商和进口跨境电商。
(1)出口跨境电商
境内卖家将商品直销给境外消费者，一般是境外消费者访问境内卖家的店铺，然后下单购买，并完成支付，由境内卖家发货并通过跨境物流送达境外消费者。
(2)进口跨境电商
境外卖家将商品直销给境内消费者，一般是境内消费者访问境外卖家的购物网站，选好商品后下单购买，由境外卖家发货并通过跨境物流将商品送达境内消费者。进口跨境电商的开展与出口跨境电商相同，有多个环节支撑。
中国进口跨境电商的发展经历了三个阶段，从最早的通过留学生、游客等背包客分散采购，发展到导购网站和代购平台，再到境外零售商、品牌商等跨境电商平台，模式也从分散的 C2C 到平台跨境网店运营B2C/M2C和自营B2C等。
按照海关监管方式的不同，跨境电商可分为一般跨境电商和保税跨境电商一般跨境电商主要用在一般进出口货物，大多是小额进出口货物。保税跨境电商主要用在保税进出口货物。二者在通关手续等方面有明显的不同。
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