自由贸易试验区内的跨境电商企业必须在口岸的海关特殊监管区内注册公司，才可以开展跨境电商保税备货模式进口。
(1)入关
跨境货物要进入海关特殊监管区等待查验。保税区内设有跨境电商监管中心。
(2) 普货查验
跨境货物进入海关监管仓，等待海关进行查验关签。查验的目的是核对实际进口货物与报关单证所报内容是否相符，有无错报、漏报、瞒报、伪报等情况。海关工作人员检查无误后，货物进入保税仓储存，等待抽样检验。
(3)理货上架
仓库分为储存区、包装区和监管区三个区域。例如，对温度和湿度有较高要求的货物，如食品母要产品、保健品等，则存储于恒温仓中，以确保其品质。
(4)抽样检验
海关工作人员要在两天内完成对货物的抽查检验。其中，食品及保健品还需送到专业实验室进行成分检验。
(5)收到订单后
在电商企业完成备货后，境内消费者直接在电商平台上下单后，电商企业就会将生成订单发送至商品所在保税仓，同时支付企业发送支付单、物流企业发送物流单，即“三单比对”。
”在订单生成之时，订单的相关数据会全部传输到跨境服务平台(即接受企业备案的外网平台)，服务平台再将数据传输到管理平台(即海关内网)。
（6）打包
保税仓工作人员开始按订单打包对应货物。
(7)过光机查验
将打包完毕的货物运送到分拣中心，通过过光机进行查验。操作人员需扫描输入货物的条形码经过过光机的货物均有图像留档，每一笔订单信息都将被保存。
(8)海关查验
海关的工作人员对过光机的货物进行现场监控。在过光机中可以看到申报的货物和发出的货物是否一致，防止货物夹带。如果经查验没有问题，包裹就会被放行。
(9)系统布控
系统会对货物进行抽验。海关对抽出的包裹进行现场查验，比对数据、实物等各项信息。
（10）通关放行
包裹在通关放行后，会经由境内物流，运往目的地，送到买家手中。对拥有“三单”的物流配送车辆，海关特殊监管区卡口智能系统将自动识别车号放行。
