目前我国跨境电商物流还存在以下威胁:
一是渠道风险所带来的威胁。与国内电商发展环境不同，国外电商发展环境比较成熟，消费者对产品质量的要求较高，电商物流企业一般都拥有统一的质量控制方法和质量控制标准。我国跨境申商物流企业走出国门后，必须采取措施积极应对国外消费者因产品标准差异、产品质量差异等问题而产生的退换货要求。
二是跨境物流风险所带来的威胁。跨境电商面临的物流环节众多，每个环节都存在巨大风险。如跨境电商在解决好国际快递问题的基础上，还要处理好海关通关、检验检疫、税务、保险等方面的问题。在成熟市场经济国家，其发达的第三方物流可以很好地为跨境电商企业提供优质服务，甚至帮助跨境电商物流企业代理所有通关、发货手续，鉴干我国多数跨境电商物流企业尚未形成规模效应，其选择第三方物流代理报关的技术条件还不成熟，尤其是众多小型跨境电商物流企业，在与国际跨境电商物流企业竞争中基本处于弱势地位。
三是产品竞争风险所带来的威胁。国内几家规模较大跨境电商的主打产品主要为婚纱、电子产品及电子配件等，产品组合方式比较简单。这种产品组合结构使跨境电商往往要在某一产品推介上付出高昂广告费用，加之产品大多属于代营、代销产品，缺乏自主设计品牌，产品核心竞争力普遍不强。二些厂家喜欢模仿抄袭国外品牌设计，所生产的产品被他国海关查扣的风险非常大。
四是政策风险所带来的威胁。跨境电商物流往往面临国内政策与国外政策双重风险。从国内政策角度看，跨境电商物流风险主要体现在海关政策不确定方面。由于我国的海关监管机制、货物通关机制主要是围绕大宗货物设计的，缺乏对大量小包裹的物流、通关、检验检疫制度设计，给国内跨境电商及相关客户造成不必要的损失。从国外政策角度看，许多国家的海关政策变化频繁，我国跨境电商往往面临产品质检及产品版权保护问题。其中最具代表性的是俄罗斯海关，其通关政策变化往往让执行人员拥有很大的自由裁量权。
