独立站不像亚马逊、阿里巴巴国际站有完善的支付系统，独立站的收款方式的选择应该符合中小企业的销售实际。主要要考虑的是收款工具的手续费和提现费用，然后就是收款工具的安全性。
Shopify上最主流的付款、收款工具是PayPal，PayPal目前是全球跨境电商卖家选择最多的收款工具，通过PayPal收款目前的收费是35美元，后期不排除会有浮动。为了保证买家的权益，每次提款PayPal会扣押大概20%的资金作为保证金。
除了 PayPal外，目前流行的付款工具还包括Visa、Apple Pay等，可以根据不同国家的情况选择不同的付款工具。
目前独立站支付工具的绑定方式有下面几种:
*账号和付款网关，就是和银行合作，客户款项汇到银行账号;
*支付网关软件，软件会将购物车直接关联到卡片处理系统:
*信用卡付款系统，通过Mastercard付款。
付款的安全性也是目前广大独立站卖家最关心的问题，一般是通过SSL证书解决付款安全性的问题。
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