贸易和关务实质性测试的目的是根据符合性测试的结果，抽取交易样本进行检查，或者采用其他检查方法，检查申报的合规性。一般有以下方法。
①检查样本单证和内部作业表。单证检查是符合性测试和实质性测试中最重要的程序。对内部控制符合性测试来说，单证检查可以评估企业内部是否有恰当的单证作业、内部统计表、内部监控表，以及关于关务的报告审批作业流程和作业表是否恰当有效。
对实质性测试来说，单证检查是最直接的检查程序，通过单证复核和作业表交叉核对，可以评估：向海关申报的数据的准确性;关于进出口金额、税收等会计记录的真实性；是否在规定的期限内向海关申报并获得审批；向管理层报送的关于贸易和关务的报表是否准确。
执行单证核查时，要注意收集不同来源的单证信息，如物流信息、财务会计信息、外汇收支信息、贸易和报关信息等。物流、资金流和信息流的数据要交核对和验证。
②存货盘点和设备清点。保税货物和减免税设备都是海关监管货物。未经海关许可，擅自将海关监管货物抵押、质押、留置、转让、更换标记、移作他用或者进行其他处置，都是一种违规行为。因此，现场盘点和清点，可以检查海关临管货物的标志是否明晰，货物是否存在，数量是否短少，实物与记录是否一致。
③外部数据与内部数据的比对。从海关、外汇管理部门、纳税申报系统、电子口岸或者报关企业提取被审查企业的申报数据，与企业内部财务系统、关务系统以及纸质单证的数据进行对比，测试企业的申报是否有遗漏，是否有非授权的申报，各个系统中的数据是否匹配。
通过这种方式，可以检查是否有报关人员出售“保税手册额度”的问题，是否有帮助其他企业平衡手册而“空转”申报等违规事项。
④外部验证。进出口商品的归类，特殊经济关系是否影响进口价格，以及特许权使用费是否是完税价格的组成部分，这一类问题往往需要专业的第三方认证或者海关来确认。
经过符合性测试和实质性测试后，对贸易和关务的合规性进行综合的评价和分析，撰写关务管理检查报告。
